Скорее они запоминают обидчика не внешне, а по запаху.

Ну, это тоже спорный момент. Как объяснить тогда тот факт, что моя питомица реагирует на те породы, которые ей регулярно досаждают? Пекинесы, например, спаниэли - разные внешне собаки - объекты ее настороженности (как минимум) в любой обстановке, именно от них она всегда ждет подвоха. А таксам в то же время простит любой каприз (любофф у нее к ним) Так что, дело не только в запахе

Мои всегда прощают доберманов и эрделей, и никогда не подпускают бульдогов!

Собака относится агрессивно к какой-то породе? Вероятно ей причинили боль представители этой или похожей породы. Может в детстве, случайно. У животных память ассоциативная.